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军队的整编就这样决定下来。而为了加强军队的独立性和荣誉感，商毅决定将军队的官职体系从传统的九品分级中剥离出来，参照后世的军衔，建立一个全新在军衔制度。
军衔的名称，主要还是以后世的军衔，但商毅也作了一些修改，军衔分为“兵士尉校将”四个大级，各级之中又分三到五个小等级，兵分初等兵、中等兵、上等兵；士分下士、中士、上士；尉分准尉、少尉、中尉、上尉；校分准校、少校、中校、上校；将分准将、少将、中将、上将、大将；最后是元帅。共计是二十级。所有军队系统的战斗人员、非战斗人员、军事文职人员全部都纳入这个体系。
而在目前阶段，各军区部队的定衔是：各军区司令部、司令、副司令、参谋长、副参谋长定为中将。军长级定为少将；师长级定为准将；旅长级定为上校；团长级定为中校；营长级定为少校或准校；连长级定为上尉；排长级定为中尉或少尉；班长定为准尉或上士。
士兵入伍之后，即为列兵，然后依据战功，成绩，可获得逐级军衔；其他非战斗人员、文职人员则按各自的入伍的时间、资励、功劳、官职，也都被授于相应的军衔。
当然总体来看，军衔定得都不算高，最高的也就是中将；这是因为商毅考虑到，以后还有大战要打，各人的晋级机会都还很大，因此也要留出一定的余地来。
军衔是只有军队人员才会被授于的级别制度，与品级并没有直接的对应的品级，另外每一级的军衔都有相应的标志，主要还是表现在肩章和胸章上。在任何时候，任何地点都可以佩带。同时除少数重大仪式之外，军人可以以行军礼来取代其他的礼节，包括跪拜的大礼。这也是商毅为了提高军人的社会地位，而做出的明确规定。
而军人还有另外一向荣誉，就是佩戴郧章。商毅很早在军队中颁发郧章，不过那时的郧章比较随意，没有一个统一的标准，现在也正式确定下来，郧章分为三等，甴低到高，依次为青龙勋章、赤龙勋章、黄龙勋章、每一种又分单龙、双龙、双龙宝星三种。一共是九种勋章，按功劳大小，可获得相应的奖励。
当然勋章并不仅仅只是奖励给军人，其他官员，甚致是普通百姓，也都可被授于勋章。但只有军人才能被授于黄龙勋章。
不过在军队编制，以及军衔的方案确定下来之后，就有人向商毅进言，现在南京政府的军队分为五个军区，其中有四个军区都分驻各地，各自拥兵少则七八万，多则十余万，而南京军区却只有五万人马，正是强枝弱杆，要防备各地军区割据一方，不听调令，因此建议商毅向各地军区派遣亲信，出任监军，以监视各个军区的动静。
其实在军队里派遣监军，是历代以来皇帝控制军队的必用手段之一，而且监军基本上都是由宦官太监出任，因为以皇帝的心态来说，正常的人都是不可靠，唯有不是正常人的宦官，对皇权才沒有实质性的威胁，这也就是为什么历代都对太监干政深恶痛绝，但皇帝却偏偏使用太监的原因。
但现在商毅身边没有太监，而且在将来商毅也不打算用太监，另外商毅也不准备使用监军制度，因为监军制度虽然可以帮助皇帝更好的控制军队，但却是以牺牲军队的战斗力为代价的。在主将和监军之间，代表着各自不同的利益，而且双方的责权难以分清，因此往往是很难相处得得好。上层不和的军队，当然无法全心打仗了。
不过商毅到也并不太但心，在自己内部会出现军阀割据的情况。这到不是说商毅完全相信部下各将对自己的忠诚度，当然到目前而言，各军区对商毅的忠诚度都很高，还没有出现过或明或暗违返商毅的命令的情况，但这仅仅也只是遐免军阀割据的一个条件，重要的是因为中华军的组建情况和历代都不相同。
在中国古代，一直都存在两种组军方式，一是以由朝廷出面，进行组军，但这一般都是在一个王朝的前期，国力较为雄厚，而且政治上也比较清明，能够充份发军全国的力量，建立一支强大的军队，如汉、唐、宋、明的前期都是如此。