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史可法离开扬州之后，商毅也立刻着手安排江淮的布置。虽然从理论在来说，现在整个江北都属于商毅的管辖范围，但实际的控制区域其实只有淮河以南，大别山以东的地区。包括凤阳、庐州、滁州、和州、扬州、淮安六府。总面积大约十五万多平方公里。其余的地方，依然都在清军的手里，不过也比商毅现在控制的浙江省大了近一半。
而商毅也作出安排，命刘泽清驻守凤阳、刘肇基驻守庐州。成进驻守扬州、罗远斌驻守淮安。也就是由商家军控制淮东地区、明军接管淮西地区。
因为现在商毅还一口吞不下整个江淮地区，另外这次作战的主战场在淮西，对这一带地区的破坏十分严重，而由余商家军守住了扬州，淮东基本没有受到什么损害，而且以后清军如杲再度南侵，淮西依然还是主战场，因此商毅只能退而求其次，只是把淮东地区先划入自己的实际控制范围。
淮东地区亦可称为苏北地区，实际就是扬州府、淮安府两个府治，但北接山东、南连江南，可以把商毅目前的势力范围连成一片，而且背靠大海，也有利于发挥商家军的海上优势。而另一方面这两个多月以来，商家军在扬州、淮安地区也建立了初步的民众基础，有利于商家军在这里速度建立起统治基础。
扬州府位于长江北岸的出海口，与苏州府隔江相望，而现在苏州府实际也算是商毅的势力范围了，现在江南、江北这两块地区也基本算是连结起来。但目前商家军并没有完全占领整个淮安府，只是控制着黄河以南的地区，淮安府的大部份地区，都还有清军的控制之下，不过由于清军新败，现在这一地区的统制基础十分薄弱，因此商毅的下一步目标就是渡过黄河，发动鲁南战役，收取整个淮安府，打通江淮和山东的连结。
不过江淮之战结束以后，商家军的士兵也十分疲劳，需要进行一段时间的修整，还有损失的士兵也需要补充，而且这一次作战，也需要和山东的商家军配合作战，分从南北两路一起用兵才行。因此商毅也决定，命各路人马暂时休整十到十五天的时间，然后再发动这次战役。
而在休整的同时，商毅也下令到登州，招周少桓到淮安，和自己会面，一方面商议一下两路用兵的计划，另一方面也想详细了解山东战区这几个月以来的发展情况；又命令第五师返回江南去驻扎，第一、三、四师留在江北，一面休整，一面备战。并且又通知杭州的叶瑶瑱和周士奇，马上安排调动一批行政人员过去，要在扬州和淮安建立起商家军的行政机构糸统。
接到了商毅的命令之后，周少桓也和唐镇两人立刻动身乘船南下，因为约定是在淮安碰头，路程比到杭州也减少了一半多，因此只用了九天时间，周少桓就赶到了淮安。
这时成进、段鹏、杨武丞、罗远斌、王信等人都在淮安聚齐，周少桓、唐镇和他们差不多有一年没见面了,这次相见，自然都是十分高兴，拍肩搭背也少不了，互相之间都问候一番之后，周少桓和唐镇才见到商毅，两人首先向商毅汇报了在他离开山东之后，商家军在山东的进展情况。
进入弘光元年（1645年）之后，山东虽然也是战事不断，但基本都是千人以下规模的小战斗，因为周少桓也牢记商毅离开时候的教导，不以夺取大城市为目地，也不发动大中规模的战役，仍然是以小规模游击战为主，把部队分散为以营为单位，寻找机会打击清军的薄弱环节，并逐步向济南府、兖州府的地区渗透。
尽管商家军这样的战术，令驻守阿巴泰十分头疼，但他也不敢冒然进兵，只能分兵把守各处要地，被动的防守，目前总算还是保住山东现有的州府城市，至于县城，也就只好听之任之，因为阿巴泰也实在是力不能及。
到了四月份的时候，商家军的实际控制区域己经大大增加，在青州府境内，只有北面的青州、临淄，南部的莒州、蒙阴等少数城市还在清军的控制之下，而其余的广大地区都被商家军占领。而且商家军还占领了济南府的东北的利津、蒲台、沾化、海丰、阳信等县以及附近的乡镇，现在商家军在山东地区的实际控制面积达七万平方公里左右，约占山东总面积的四成左右，户籍四十二万七千户，人口有一百九十二万四千余人。
在军事建设方面，山东商家军的数目也进一步扩大，除了第二师以外，驻穆陵关独立团己经扩编到八个团，实际达到了一个旅的编制，而在登州地区又新增了两个旅的编制，还组建了一个骑兵团，一个侦察团。此外还有相当数量的民兵编制，正式兵力达到三万七千余人，民兵一万二千余人。总兵力比起山东战区刚刚开始的时候，扩大了一倍有余。