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这次商毅把接收海盗基地的工作交给亚莉桑徳拉去完成，一方面是因为亚莉桑德拉比较熟悉海战，而另一方面，也是因为商毅确实抽不身来，进入泓光元年（1645年）之后，在三四月间，清军就会大举南下，而商毅也要抓紧这最后的时间，紧急备战。
这己经是商毅来到这个时空的第三个年头了，现在商家军也己经有了相当的规模，不计海军，总兵力约在六万五千人马左右，而驻守浙江地区的兵力，约有四万七千。兵力己经算是比较雄厚了，如果再加上海军，也能够抵挡淸军南下一阵，但此前为了支援山东战区，现在商家军在浙江的武器缺口比较大，各种步枪缺口在一万二千支左右，火炮伪缺口虽然小一些，但也缺了近三百门。
现在杭州兵工厂的正式工匠人数己经超过了万人，生产能力己经达了月产各种火枪五千到六千枝，火炮二百余门的水平，而商毅也要求兵工厂的厂长孙和鼎，加紧生产，争取在二月结速之前，将枪炮的缺口都补齐，同时在质量上也不能放松要求。另外还要储备大量火药、手榴弹、霹雳火箭等等。
当然兵工厂里也有利好的消息，就是地雷己经研制出来了，第一批试用品也生产出来，正在抓测试中。这也让商毅十分高兴，如果地雷能够赶上这次的战斗，将对抵抗清军发挥很大的作用。
除了武器之外，商毅在浙江还储备了大量的粮食，物资、药品，提纯的酒精，并且组织了数百名郎中，毕竟战争中的后勤服务也十分重要。
而且杭州毕竟不是在第一线，在年前的时候，商毅就组织人力，在浙江修筑道路，以备战时各种物资的运输供应。明朝本来就有官道，而且浙江一带因为商业发达，经济良好，因此官道维护情况还算不错。而商毅决定在官道的基础上，再进行扩宽，当然这也不仅仅是为了打仗，同时也使交通更为便利，有利于进一步促进商业的发展。
不过现在最让商毅感觉到有些麻烦的是，他的职权还不能超出浙江的范围，因此无法在第一线布置兵力，构筑防守阵地。只能在有现的范围內调动军马，做好战争的准备。他一面写信给扬州的史可法，希望他能为自己在江北找一个立足之地，同时又派人在江北地区视察地形，绘制地图，然后又命令海军的第二、三分舰驻扎位于长江口崇明岛的崇明沙所，以便于一到出兵的时机，就可以马上通过水旱两路展开布置。
而在最后，商毅又通过【杭州时报】，大加宣传清军南下的消息，号招南方的军民抵抗清军南侵，并希望能够引起南京朝廷的注意，开始认真的备战。
其实在这个时候，南京朝廷多少也有了一些警觉，因为向清廷求和的使团北上之后，只有陈洪范一人回归，其他两位使臣都被清廷扣押，也足以说明，清廷并没有与南明讲和的意思。因此在新年之后，南京朝廷也开始正式商议,抵抗清军,保住半壁江山的布置。
就在这个时候，商毅所写有关于商家军在山东与清军之间的第二次战争经过的拆奏，连同清兵的俘虏和战利品也送到了南京朝廷，当然在【杭州时报】上，对这场战争也有详细的报导。因此南京的民间人士也在差不多和朝廷同时知道了消息。
虽然第二次山东战役中，商家军丢失了青州，但总体来说，还是抵挡住了清军的进攻，一共歼灭了两万多名清兵，也算是一个不少的收获了。而且从去年八九月起，一直到现在，只有商家军这一支军队在顽强的与清军作战，并且取得了很不错的战绩，成功的保卫住了山东的登莱地区，而在此其间，南京朝廷设立的江北四镇人马，共计兵力超过了二十万，却没有一点行动。双方的表现也形成了鲜明的对比。
由其是现在，清军南侵的意图己经越来越明显了，因此商家军在民间人士和中下层的官员，心目中的地位也越来越高。再加上【杭州时报】的引导，在民间要求启用商家军的呼声也越来越高，己有不少官员都向朝廷上书，要求调商家军渡江北上，抵抗清军，收复失地。而也有一部份东林党人，借机也大造声势，要求朝廷重用商毅，让商毅出任凤阳总督，节制江北的所有人马。
凤阳总督正是马士英在入主南京之前的官职，马士英是何等精明的人，包括在暗中主持一切的玄皇教，那看不出东林党的酒翁之意，是在学项庄舞剑。毕竟商毅现在在名议上也是东林**的成员。不过眼看着启用商毅的呼声越来越高，也不能轻视，因此也都暗自着急，玄皇教也连连聚议，研究对策，但一时都拿不出什么好办法来。正好这时扬州的史可法上书南京朝廷，请求出兵收取河南之地，以为进取中原的基础。