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但出于战略考虑，蒙古200多万平方公里的巨大战略纵深是王辰浩所看重的，有蒙古大漠护住中原地区，王辰浩可以游刃有余的准备对俄战争。
另外，王辰浩的军队当中急需要征召大量的骑兵部队，蒙古战马、蒙古部族骑兵是最佳选择，王辰浩出于各种利益考量，继续维持蒙古地区的封建体制，维护蒙古王公贵族们的利益，以此来获得蒙古七十二部的大力支持。
派驻蒙古的两镇军队除了巩固帝国对蒙古地区的统治之外，更重要的是蒙古拥有规模庞大的工业矿藏。例如蒙古拥有一万亿吨储量的易开采露天煤矿，拥有世界级规模的铁矿、铜矿、铬矿，以及储量世界第一的稀土矿，而后者是王辰浩最看重的军事工业所需原材料。
王辰浩计划在蒙古地区打造第二处工业基地，该基地以原材料的采集为主。目的是将优质煤炭，各种矿石，各种稀土原料源源不断的向京津唐工业基地输送，加速中国的工业发展和工业化进程。
对于中国的殖民地关岛和波多黎各，二地共用一镇兵力，每地派驻一个协。关岛人烟稀少，一个协兵力足够了。波多黎各人口稠密，比较富裕，但是距离本土太远，王辰浩只把波多黎各当做一个战略支点，当做是参与美洲事务的踏脚石，因此在波多黎各也只驻扎一个协的兵力。驻地在波多黎各的布坎南堡，陆军部在那里设立的陆军基地，资金以波多黎各赋税支付。
常备陆军的规模和编制完成改革后，国防部和总参谋部就驻扎在各省的中国陆军划分了相应的军事基地、军事警戒区和兵源补充区。例如京畿直隶省的军事驻防区为北苑、南苑、军马场、保定、秦皇岛等地区，兵源采取就地补充原则，每镇陆军都有自己固定的兵源补充区，不得跨省补充兵源。
常备陆军实行义务兵役制，每年固定退役一半士兵，补充一半新兵。普通士兵标准服役两年，两年后表现优异可留作士官，士官作为中国陆军基层指挥力量，其作用巨大，因此士官前五级可服役十年，六级士官长可服役至五十岁退休。军官则有严格年龄限制，尉官军官可服役至四十岁必须退役，校官服役至五十岁必须退役，将官服役至六十岁后视具体情况选择退役。
国防部和总参谋部对全国陆军的改革之后，帝国常备陆军对外宣称数字为五十四万人。但实际上，这只是国防部的隐藏真正实力的一个计策而已，这个数字只是三十六镇常备陆军的数量。禁卫军和御林军还有六万人，驻琉球王国读力师两万人，各省国民警卫队、警备区戍守部队共计三十万人，还有蒙古各旗的骑兵部队并不计入常备陆军序列当中，蒙古七十二部共计拥有蒙古骑兵十五万人，这些蒙古骑兵也按时接受训练，骑兵装备也由总装备部发放，军饷也由帝国财政部支出，他们实际上也在帝国常备陆军的战斗序列之内，但这些都没有计算进去。
常备陆军的编制和驻防确定后，总装备部和总后勤部紧随改革步伐。总装备部将帝国陆军现有装备全面升级换代，装备适合东方人使用的武器装备，主要换装了轻便、灵活、稳定的勃朗宁系列步枪、手枪和重机枪。
近百万陆军更换装备不是一时三刻就能完成的，换装从王辰浩的二十镇嫡系北洋陆军开始，北洋陆军淘汰下来的德国系列枪械交给其他各省组建的帝国陆军使用，国民警卫队和警察部队依然使用他们原先的武器装备。等到各省的帝国陆军完成武器换装之后，再将淘汰下来的德国系武器给国民警卫队和警察使用。这样一批批，按照重要姓依次进行替换，最终完成全面换装。
北洋兵器重工加班加点的生产武器装备，但依然跟不上换装速度。不得已，总后勤部在取得王辰浩的同意后，在保定成立帝国兵总厂，在各省原有的兵工厂基础上成立帝国兵工厂分厂，生产武器装备的机器设备由北洋兵器重工提供，各省的帝国兵工分厂同时开始生产制造，这样一来，武器装备的生产速度便赶上了各省新建陆军的编练进度。
帝国兵工厂的成立，整合了清帝国各省的兵工厂混乱不堪、五花八门的纷乱局面。以前一家兵工厂生产好几个国家几十种武器装备，即费钱费时费工，又给军队的后勤保障带来巨大的压力和资源浪费，军队作战时使用各种不同型号武器装备，极大的影响了综合战斗力。
如今全国各地的兵工厂整合到了一起，专门生产中[***]队所需的武器装备，以上的问题和弊端顿时解决了。
按照国防部的要求，中国陆军和平时期的军制为镇，战时就地扩充为军、集团军，或者集团军群，其最高指挥官是帝国元帅。
帝国元帅是战时产生的，和平时期最高只有上将，但王辰浩不可能放开对军队的控制，因此帝国内阁、国防部授予王辰浩海陆空三军大元帅军衔，使得王辰浩对帝国的海陆空三军力量有着绝对的控制权。
陆军改革完成后，国防部和总参谋部又对海军进行了改革。
此时，中国海军已经拥有两艘全钢制战列舰，三艘甲铁战列舰，六艘重型装甲巡洋舰，六艘轻型装甲巡洋舰，六艘防护巡洋舰，四十艘驱猎舰，五十艘炮舰，八十艘炮艇，三十艘鱼雷艇，十四艘潜艇。总吨位二十多万吨，位居世界第五，仅次于英法美俄四国。
总参谋部制定了海军发展规划，由海军部负责执行。邓世昌升任总参谋部海军参谋长，刘步蟾升任海军部部长，林泰曾升任海军军令部部长。
考虑到中国海军的海防任务，以及海军中新旧战舰的使用方式问题，海军部将中国海军划分为中国海军第一舰队和第二舰队，第一舰队又称太平洋舰队，主御敌于国门之外。第二舰队又称本土舰队，主本土海岸防卫作战。
中国海军第一舰队全为新式战舰，包括两艘战列舰登云号和踏云号，六艘重型装甲巡洋舰猎人号、虓勇号、胆勇号、斗勇号、刚勇号、奋勇号，六艘轻型装甲巡洋舰海圻、海容、海筹、海琛、海汐、海鳞，其中海鳞号是穹甲防护，但也被列入装甲巡洋舰行列里。六支驱猎舰队，每支驱猎舰队六艘驱猎舰，六艘驱猎舰中三艘为雷击驱猎舰，三艘为炮击驱猎舰。第一舰队旗舰为登云号，舰队司令为林建章中将，舰队参谋长为杜锡圭中将。
第二舰队主要使用老式战舰，包括“定远”、“威远”、“镇远”三艘铁甲舰，“济远”、“经远”、“来远”、“致远”、“靖远”、“平远”六艘巡洋舰，以及飞霆、飞鹰等八艘驱逐舰，三十艘鱼雷艇，十四艘潜艇。第二舰队旗舰威远号，舰队司令李鼎新中将，舰队参谋长叶祖贵中将。
对舰队作战、防御的分工改革完成后，驻地也有所调整。第一舰队作为太平洋舰队，负责御敌于国门之外，因此第一舰队的基地设置在琉球群岛的白滩海军基地，关岛阿普拉海军基地，以及远在加勒比海的波多黎各岛上的圣胡安海军基地。
当然，第一舰队当前的任务不是去关岛和圣胡安，而是准备对俄远东海军进行作战。
俄国远东海军前出基地已经从海参崴到达朝鲜半岛的蔚山海军基地，因此第一舰队的本土海军基地包括葫芦岛潜艇基地、威海卫基地、旅顺基地、舟山、象山五处，配合白滩海军基地封锁俄国海军。其中舟山和象山两处海军基地为新建。
第二舰队负责本土防卫，因为第一舰队霸占了旅顺、威海卫等地，因此第二舰队于是另外开辟胶州湾（青岛湾）、宁德港、黄埔港三处为海军基地，负责巡逻东大洋和南大洋，防御本土。其中胶州湾为第二舰队母港。
（未完待续）