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如此大批量的罢免官员，就是在太祖朝的时候都没有过，对京城所造成的混乱可想而知。
一些心怀不满的官员甚至偷偷与城外的流寇勾连，企图里应外合拿下京城，将张三与希望营一网打尽。
然而面对绝对实力的希望营，一切的阴谋伎俩无所遁形。正好给了希望营抄家问罪的把柄，光是流寇围城的这段时间里，通过抓住罢免官员通敌罪证抄家所获得的钱粮就高达上千万两。
这样一笔收入让崇祯皇帝看的目瞪口呆，原来大明不是没钱啊，钱都到了这些卑鄙无耻的小人的手里。
罢免官员之后，大量的官员缺口需要补充，而且按照希望营的划分，按照原来大明的六部九寺督察院的架构根本就不能合理的管理这个国家。
新的权力架构的搭建就成了当务之急，按照新的权力架构，大明最高权力由内阁掌握，内阁成员由七人构成，其中一人为首辅，其他六人为辅臣。
内阁下设吏部，执掌天下官员的政绩考核与升迁罢黜。吏部尚书由于权力巨大同时也是内阁成员之一。
户部拆分为度支部、农林水利部、税务总局。分别执掌财政支出、农业生产、所有的税收。
礼部拆分为外事部、教育部与宣传部。分别掌管对外交往、全国的教育事业以及对百姓的宣传，让百姓清晰地知道朝廷的每一项政策是为了什么。
取消兵部改组为国土防卫部、参谋部、训练部、镇抚部、后勤部、装备部、陆军部、海军部、军事情报部。九大部门组成军事大本营，大本营由九大部门推选出一位国家防务大臣，国家防务大臣代表军方直接进入内阁成为内阁成员之一。
工部属于技术性极强的部门，拆分为交通部，建设部、水利部。各个部门负责自己所管辖的一切建设维护。
刑部更名为公共安全部、负责天下所有案件的侦破，对嫌疑犯人的抓捕，这是一个国家对内暴力机器。
大理寺更名为最高法院，负责法律的制定、各种案件的审理。
督察院不改变名称，职能却已经改变，不再有风闻奏事之权，而是专业对公共安全部与最高法院的抓捕与审理进行监督，同时对最高法新制定的法律进行审核。
新成立廉政公署、专业负责对官员的监督，一旦发现官员有贪污受贿等违法行为，掌握证据之后，可对官员进行抓捕，并移送法院进行审理。
太医院升级为卫生部，负责医生的培养与医疗卫生事业的建设。
有新增的部门就有撤销的部门，负责宴饮的光禄寺与养马的太仆寺取消，这两个部门改组成自负盈亏的国家企业。
掌管鼓乐礼仪的太常寺也被裁撤，同样该组成自负盈亏的演绎剧团，现在正是昆曲刚刚兴起之时，太常寺完全可以发展戏院等娱乐业，以门票收入养活自己并娱乐百姓。
大理寺改组成了最高法、鸿胪寺并入外事部。
改组之后，大明中枢将由二十四个部门组成，这些部门都要有垂直于地方的分支机构，这些机构最少都必须设置到乡镇，皇权不下乡将彻底成为过去。
还有一些如军情司、锦衣卫、东厂这样的情报机构则不在公开实施的政令之中，却又是一个国家不可或缺的存在。这三个情报机构经过重组之后，成立了两大情报机构。