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孙元化在开春之后，便被刘不同装上第一条返回台湾的船只，运往了淡水城进行安置。
于孝天当时正在筹备北上的事情，所以两个人走了个对头，却没有见面，这次于孝天回来，自然是要见一下孙元化的。
孙元化到了淡水之后，已经知道这里是什么地方了，当然也猜出了这次把他弄来这里的人是谁了。
对于孝天，孙元化是有所了解的，他本身是一个天主教徒，跟澳门的教会有很深的交情，要不然的话他这次到登莱任巡抚，也不能从澳门请去那么多葡萄牙人充当炮术教官。
在长时间的和教会来往之中，他对南方的事情也是比较了解的，特别是对福建的海狼集团，他早有耳闻，通过教会了解了很多有关海狼和于孝天的消息。
澳门教会方面，对于孝天是相当推崇的，特别是于孝天开放台湾岛，让教会公开传教，这件事让教会方面，对于孝天非常满意，多次在和孙元化的信件之中提及此事。
还有教会方面对于孝天控制能力以及手头拥有的武力，也非常推崇，称其为大明一个奇人，短时间之内，便打造出一支可以横行中国海的水师，并且使用的是最先进的火炮以及战船。
整体上来说，教会方面认为于孝天虽然不是教徒，可是也算是亲教的人员，就算是他对教会在台湾岛传教控制很严，但是起码也开了一个口子，让教会能获得一个公开传教的机会。
所以孙元化对于于孝天并不陌生，起码也算是神交已久，只是一直没有机会见面罢了。
但是没想到这一次于孝天会突然间对他施以援手，把他从山东绑架到了台湾岛，并且给他安置了不错的地方，算是相当善待他了。
原本孙元化对于于孝天这么做，还是颇有微词的，认为于孝天把他逼入了绝地，彻底断绝了他的仕途。
原本他这次被叛军释放之后，还想要回到京中，利用老师徐光启以及周延儒等人的能量，给他提供一些保护，起码保住他的性命，就算是被革职查办，以后只要他们还在朝中任事，迟早也有一天会被起复。
可是于孝天把他弄到这里，他不明不白的就失踪了，肯定朝廷就会为此震怒，那么就算是以后他回去陆上，估计也没有机会再入仕途了，掉脑袋那是最起码的事情。
所以孙元化在初到这里的时候，还对于孝天心怀不满，认为是于孝天坏了他的前程，可是随着京师方面各种消息传回来告知他以后，孙元化渐渐的改变了这种想法。
特别是七月间朝廷下旨，将张焘斩首弃市，宋光兰也被杀了，而朝中对于剿还是抚的问题，已经最终拿定了主意，皇帝力主以剿为主，开始调集大军北上入剿孔李乱军，这时候徐光启和周延儒等当初主抚之人，都受到了圣上的呵斥。
甚至于一直主抚的兵部右侍郎刘宇烈也被朝廷罢官逮问，这就说明了事情的严重性，起初孙元化还指望着老师徐光启和周延儒等人能保住他，可是后来看时局的发展，这种希望是极为渺茫的。
作为登莱巡抚，他才是主事之人，这次登莱之乱，本身就该归结在他身上，由他背这个黑锅，更何况在孔有德叛乱之初，他又一门心思想要招抚，结果导致贻误战机，另外主抚的问题上，确实有很大的问题，最初朝廷派兵进剿，诸将都一门心思的指望着主抚，结果被孔李叛军打的大败。
叛军横扫登莱等地，造成登莱生灵涂炭，就连后来的山东巡抚徐从治，都被叛军乱炮打成重伤，以至于后来死在了莱州城之中。