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第二阶段的开启，也意味着曾经的眼镜蛇组织进入真正的忙碌状态，不再像是一个恐怖组织，他们所做的事情更像是特工或者间谍。
外面的局势依然很乱，所有人都在因为之前的三次纳米虫弹头袭击而人心惶惶。杀伤力强大到令人窒息，而对方释放纳米虫弹头的方式更是无从防御，这才是让各国所担忧的。
掩藏在这种混乱之下的，其实是另一种更加可怕的转变，这不过这个本就隐蔽的行动，在如今的这种局势下，就更加难以察觉。
最开始也是最困难的部分，以总统为起点，将势力范围扩展到整个美国的政治领域。政治、军事、经济和舆论，被叶千狐当做第一个目标的，是政治，或者军事也可以一同进行，这两个领域在如今的行动之中并不干扰。
既然已经遭到了华府几近毁灭的灾难，一系列高层会议自然要相继展开，总统和他的同僚们需要对那个至今不知道身份恐怖组织做出应对，而在这些会议之中，多出一些所谓的秘密会议也是理所当然。
秘密会议，也就很适合那些秘密行动的实施，就算是有着再怎么完备的防御机制，如果自家老大都成为了叛徒，防御的漏洞也就比比皆是。
依然是废墟之下的那座高科技掩体，在总统的第一次秘密会议中，麻醉气体在悄然之间感染了参与会议的每一个人，没有任何的抵抗，所有参与会议的高层陷入昏迷之中。
接着那道高科技掩体的中的暗门再一次打开，这一次进入会议室的是一群医生模样的人，他们也确实是医生，只不过为了防止出现意外，这些医生也已经被注射了纳米虫，他们的忠心可以被信赖。
纳米虫早已经被红后编程完毕，在使用麻醉气体制服了目标之后，这些医生以此为会议室中的高层注射纳米虫。
因为纳米虫一些额外的效果，这些人提前从麻醉气体的困扰中解脱出来，但是清醒过来之后，还是那些人，但是思想已经被改变，原本的自由思想已经被纳米虫压制，收获的是一个个看似正常的傀儡。
当这个开头获得成功之后，接下来的就更加简单。已经被注射了纳米虫的这些人，成为了使用纳米虫进行控制的助力，他们开始通过自己的身份和权势开始为叶千狐这边的毒蛇士兵创造继续感染其他人的条件，各种私人会晤、不是太公开的会议等等。
当受到纳米虫感染的人越多，这个以纳米虫为核心的坚固同盟也就越强大，这是一个此消彼长的过程，而暂时还安全的那些人却根本就没有意识到悄然发生的转变，更不要说有效抵御这种转变的过程。
这个过程，叶千狐更倾向于称呼他为“和平演变”。
一周之后，整个决策层百分之九十的人都已经成为了纳米虫所控制的傀儡，随即目标开始向国会和联邦法院转移，并且一部分毒蛇士兵开始感染联邦各个州政府的决策层。
控制的范围和程度都在加强，虽然期间发现了一些小小的挫折，但是第二阶段的行动从总体而言依然可以称之为顺利。
没有什么计划是真的完美无缺的，就算是计划本身没有问题，但是随着范围的扩大，总会有一些小小的意外出现。虽然被叶千狐成为“和平演变”，但作为补充总归还是出现了一些小规模的冲突。